本中心2025年受十三行博物館之邀，共同策劃《湛藍十三：水下考古永續傳承展》常設展覽，展期預計為五年以上。

本檔展覽除了向公眾推廣保護水下文化資產的觀念外，展示內容更加強調水下考古與人的連結，邀請水下考古隊員錄製工作內容的介紹，也提供私人的潛水物品作為展示。研究方面，則將近來最新的馬公港遺址與「澎南3號」之調查成果納入案例，亦提供出水安平壺作為展品。

本檔展覽與過去國內的水下考古展覽有著諸多不一樣的嘗試，有興趣的民眾歡迎至十三行博物館參。