本中心成立於2022年，為國內此領域獨一無二、亟具特色的研究中心。本中心目的在於促進國內水下考古學及水下文化資產之研究與發展、培養相關人才、促進國際合作交流與產官學合作，及教育推廣等。

我國擁有廣闊的海域，由於人文歷史與自然環境的因素，其中蘊藏著相當豐富而多樣性的水下文化遺存，包括遠在一萬多年以前的舊石器時代人類活動遺物、因海水面變化所淹沒或週期性淹沒之海岸聚落遺址及海洋生業相關結構，以及自新石器時代以至當代人類航海活動的大量沉船及各種物質遺留等，是一座極為重要的歷史文化寶庫。其中不但蘊藏著科學研究的材料和證據，更是珍貴的文化資產，亟需水下考古學的調查、發現、研究、維護與保存，以及國際交流，為落實我國海洋政策極具關鍵性的一環。